2016年度 生物計算科学   Computational Biology

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開講元
生命理工学コース
担当教員名
櫻井 実  伊藤 武彦  黒川 顕  山田 拓司  小寺 正明 
授業形態
講義
曜日・時限(講義室)
月1-2(J221,W831)  木1-2(J221,W831)  
クラス
-
科目コード
LST.A408
単位数
2
開講年度
2016年度
開講クォーター
3Q
シラバス更新日
2016年4月27日
講義資料更新日
-
使用言語
英語
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講義の概要とねらい

マルチオミックス解析から得られる多様かつ膨大な生物情報を解析することで、どのような知識を得ることができるのか。コンピュータを駆使したバイオインフォマティクスの基礎から応用までを理解し、単なるツールとしての技術の習得ではなく、膨大な情報から新たな仮説を導くための論理を習得することを目標とする。

到達目標

1) 遺伝子の塩基配列およびアミノ酸配列から情報を読み解く基礎としての分子進化学を理解する。
2) 遺伝子配列およびゲノム配列を比較することにより得られる知識を理解する。
3) 配列解析における解析アルゴリズムを理解する。
4) マルチオミックス解析の基礎および応用を理解する。

キーワード

バイオインフォマティクス

学生が身につける力

国際的教養力 コミュニケーション力 専門力 課題設定力 実践力または解決力
- - - -

授業の進め方

各回の学習目標をよく読み,予習・復習を行って下さい。

授業計画・課題

  授業計画 課題
第1回 イントロダクション バイオインフォマティクスの概要を理解する
第2回 分子進化学基礎 分子進化の基礎を理解する
第3回 アミノ酸配列の分子進化 アミノ酸配列解析の基礎を理解する
第4回 塩基配列の分子進化 塩基配列解析の基礎を理解する
第5回 遺伝子配列解析およびゲノム配列解析の基礎 ゲノム配列解析の基礎を理解する
第6回 比較ゲノム解析 比較ゲノム解析の基礎を理解する
第7回 マルチオミックス解析 マルチオミックス解析の基礎を理解する
第8回 解析アルゴリズム1(グリーディーアルゴリズムほか) グリーディーアルゴリズムを理解する
第9回 解析アルゴリズム2(パターンマッチングほか) パターンマッチングアルゴリズムを理解する
第10回 代謝ネットワーク解析1(データベース) 代謝データベースを理解する
第11回 代謝ネットワーク解析2(グラフ理論) グラフ理論の基礎を理解する
第12回 代謝ネットワーク解析3(クロスオミックス) クロスオミックス解析を理解する
第13回 データマイニング1(多変量解析ほか) 多変量解析を理解する
第14回 データマイニング2(HMMほか) HMMを理解する
第15回 データマイニング3(ベイズ統計ほか) ベイズ統計の基礎を理解する

教科書

特になし

参考書、講義資料等

"バイオインフォマティクスのためのアルゴリズム入門" Jones他, 共立出版, 2007年。"Molecular Evolution and Phylogenetics" Nei他, Oxford Univ. Press, 2000年。"バイオインフォマティクスの数理とアルゴリズム" 阿久津他, 共立出版, 2007年。

成績評価の基準及び方法

各回レポートを課し評価する。

関連する科目

  • なし

履修の条件(知識・技能・履修済科目等)

なし

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