2017年度 ゲノム情報学   Genome Informatics

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開講元
生命理工学系
担当教員名
伊藤 武彦  山田 拓司  黒川 顕  小寺 正明 
授業形態
講義
メディア利用
 
曜日・時限(講義室)
火3-4(H101)  金3-4(H101)  
クラス
-
科目コード
LST.A351
単位数
2
開講年度
2017年度
開講クォーター
3Q
シラバス更新日
2017年4月27日
講義資料更新日
-
使用言語
日本語
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講義の概要とねらい

本講義では、バイオインフォマティクスの一分野であるゲノム情報解析について学習する。ゲノム情報解析は、次世代シークエンサの登場とともに急速に発展を遂げている分野であり、その基礎をこの授業で学ぶことで生物学と情報科学の両方の力を身につけてほしい。

到達目標

本講義を履修することによって次の能力を修得する。
1)ゲノム配列解析における実験的手法の概要を理解する
2)ゲノム配列解析における情報学的手法を理解する
3)ゲノム情報解析における最新のトピックスを理解する

実務経験のある教員等による授業科目等

-

キーワード

ゲノム情報学、配列解析、次世代シークエンサー

学生が身につける力(ディグリー・ポリシー)

専門力 教養力 コミュニケーション力 展開力(探究力又は設定力) 展開力(実践力又は解決力)

授業の進め方

各回の授業内容をよく読み,課題の予習・復習を行って下さい。

授業計画・課題

  授業計画 課題
第1回 イントロダクション ゲノム情報解析の概要を理解する
第2回 ゲノム配列決定法ー実験的手法の概要ー 実験的なゲノム配列決定法を理解する
第3回 ゲノム配列決定法ー情報学的手法の概要ー ゲノム配列決定における情報処理の概要を理解する
第4回 遺伝子配列解析(cDNAなど) 遺伝子配列解析法を理解する
第5回 次世代シークエンサーの原理 次世代シークエンサーの原理を理解する
第6回 次世代シークエンサーデータの情報解析概要 次世代シークエンサーデータの情報解析概要を理解する
第7回 遺伝子構造予測ー原核生物ー 原核生物ゲノムからの遺伝子予測手法を理解する
第8回 遺伝子構造予測ー真核生物1ー 真核生物ゲノムからの遺伝子予測手法を理解する(1)
第9回 遺伝子構造予測ー真核生物2ー 真核生物ゲノムからの遺伝子予測手法を理解する(2)
第10回 遺伝子機能アノテーション(ホモロジー検索) 遺伝子に対するホモロジー検索による機能アノテーション方法を理解する
第11回 遺伝子機能アノテーション(モチーフ探索、GOなど) 遺伝子に対するモチーフ検索やGO付与による機能アノテーション方法を理解する
第12回 比較ゲノム解析 比較ゲノム解析の概要を理解する
第13回 最新のゲノム解析トピックス(メタゲノム1) 最新のゲノム解析トピックスを理解する(メタゲノム1)
第14回 最新のゲノム解析トピックス(メタゲノム2) 最新のゲノム解析トピックスを理解する(メタゲノム2)
第15回 最新のゲノム解析トピックス(1細胞解析) 最新のゲノム解析トピックスを理解する(1細胞解析)

教科書

特になし

参考書、講義資料等

T.A. ブラウン(著)「ゲノム第3版」
マウント デービッド W. (著)「バイオインフォマティクス ゲノム配列から機能解析へ 第2版」

成績評価の基準及び方法

演習50%, 期末試験50%

関連する科目

  • LST.A246 : 生命情報学
  • LST.A241 : 生命統計学

履修の条件(知識・技能・履修済科目等)

履修の条件を設けない

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