生命情報解析   Biological Information Analysis

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担当教員
秋山 泰 
使用教室
月7-8(W933)  
単位数
講義:2  演習:0  実験:0
講義コード
7274
シラバス更新日
2013年9月20日
講義資料更新日
2013年9月20日
学期
後期  /  推奨学期:6

講義概要

I 遺伝子やタンパク質等に関する生命知識情報がどのように表現されるのか,またパターン認識や学習等の数理的手法がどのように実際の生命情報解析の問題解決に応用されるのかについて,基礎的な事項を習得する。
II 配列アラインメント,類似配列検索,進化系統樹推定,特徴配列の知識表現,タンパク質構造予測,分子シミュレーション,発現情報解析など。

講義の目的

遺伝子やタンパク質等に関する生命知識情報の解析は,社会的に期待される分野であるとともに,新しい数理的技法がいち早く使われる応用領域としても興味深い.当講義では,生命知識情報がどのように表現されるのか,またパターン認識や学習等の数理的手法がどのように実際の問題解決に応用されているのかについて,基礎的な事項を習得する.

講義計画

1. イントロダクション
2. DNA配列比較
3. 配列アラインメント
4. 多重アラインメント
5. 進化系統樹推定
6. データベースからの相同性検索
7. 相同性検索の高速化
8. モチーフの抽出と表現
9. 確率モデルによる配列解析
10. RNA二次構造予測
11. ゲノム配列比較
12. タンパク質二次構造予測
13. タンパク質立体構造予測
14. 分子シミュレーション
15. まとめ

教科書・参考書等

・資料配布

参考書等
・岡崎,坊農監訳, David Mount著:バイオインフォマティクス第2版,メディカル・サイエンス・インターナショナル ISBN4-89592-426-2
・日本バイオインフォマティクス学会編:バイオインフォマティクス事典,共立出版 ISBN4-320-05628-0

関連科目・履修の条件等

確率と統計 (3学期,○,2-0-0)
情報認識 (6学期,☆,2-0-0),生命知識論第二 (7学期,☆,2-0-0)
パターン情報処理(大学院:計算工学),機械学習(大学院:計算工学),バイオインフォマティクス(大学院:計算工学)

成績評価

試験により評価する.

その他

関連サイト
TOKYO TECH OCW
http://www.ocw.titech.ac.jp/index.php?module=General&action=T0300&GakubuCD=101&GakkaCD=53&KougiCD=7274&lang=JA

知識ユニット
* 配列アラインメント
* 類似配列検索
* 進化系統樹推定
* 特徴配列の知識表現
* タンパク質構造予測
* 分子シミュレーション
* 発現情報解析

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